Выравнивающий праймер

Дарья Тарасова, профессиональный визажист:

— Праймер под макияж особенно актуален для тех женщин, кто не мыслит свою жизнь без тонального крема. Его необходимо наносить на лицо до нанесения тона, чтобы создать эффект идеального и ровного покрытия на лице. При приобретении такого косметического продукта, стоит руководствоваться типом вашей кожи и ее нуждами. Правильно подобранная база под макияж, способна в корне изменить конечный результат макияжа и продлить его стойкость.

На современном косметическом рынке, существует огромное количество таких продуктов, которые максимально точно работают с определенным типом кожи. Например, если у вас сухой тип кожи, то подойдет увлажняющая база под макияж. Если же кожа склонна к жирности и жирная, то стоит попробовать матирующую или минимизирующую поры базу. Для неровного тона подойдет – цветокорректирующая основа.

В принципе, если вы по каким-то причинам отказываетесь от покупки базы под макияж, то его действие можно заменить увлажняющим кремом. Дело даже не в том, что без праймера нельзя выполнять макияж, просто на «голое» лицо тон ложится несколько хуже. Существуют разные мифы, что такие средства способны навредить коже – поверьте, качественные средства можно и нужно использовать хоть каждый день, ведь в своем составе они содержат ухаживающие компоненты и солнцезащитные фильтры. В том числе это касается праймеров на основе силикона, если не перебарщивать с его количеством и выполнять по истечению дня тщательный демакияж, то проблема забитых пор не возникнет.

Инструмент для моделирования грунтовки

Получить последние результаты Публикация Советы по поиску конкретных праймеров

Введите последовательность доступа, gi или FASTA (Предпочтительна запись refseq) Help

Введите здесь шаблон PCR (несколько шаблонов в настоящее время не поддерживаются). Настоятельно рекомендуется использовать доступ refseq или GI (а не исходную последовательность ДНК), когда это возможно, поскольку это позволяет Primer-BLAST лучше идентифицировать матрицу и, таким образом, выполнять более качественную проверку специфичности праймера.
Шаблон не требуется, если ниже введены как прямой, так и обратный праймеры.
Длина шаблона ограничена 50 000 бит/с. Если ваш шаблон длиннее, вам нужно использовать диапазон праймеров, чтобы ограничить длину (т. Е. Установите поля прямого праймера «От» и обратного праймера «Кому», но оставьте поля прямого праймера «Кому» и обратного праймера «От» пустыми) .

Или загрузите файл FASTA

Диапазон Помощь

От К

Передняя грунтовка

Обратный грунт

Введите диапазоны позиций, если вы хотите, чтобы праймеры располагались на определенных сайтах. Позиции относятся к номерам оснований на плюсовой нити вашего шаблона (т. е. позиция «От» всегда должна быть меньше, чем позиция «До» для данного праймера). Частичные диапазоны разрешены. Например, если вы хотите, чтобы продукт ПЦР располагался между позицией 100 и позицией 1000 на матрице, вы можете установить прямой праймер «От» на 100, а обратный праймер «До» на 1000 (но оставить прямой праймер «До» и обратный праймер "От" пустой).
Обратите внимание, что диапазон позиций прямого праймера не может перекрываться с диапазоном обратного праймера.

Справка

При желании введите предварительно разработанный предварительный праймер. Всегда используйте фактическую последовательность праймера (т. е. 5'-> 3' на плюсовой цепи матрицы). Пожалуйста, введите только последовательность букв (другие символы не допускаются).

Справка

При желании введите предварительно разработанный обратный праймер. Всегда используйте фактическую последовательность праймера (т. е. 5'-> 3' на минус цепи шаблона). Пожалуйста, введите только последовательность букв (другие символы не допускаются).

мин. Макс

мин. Выбрать Макс Max T _м разница

Помощь

Расчет Tm контролируется таблицей термодинамических параметров и формулой коррекции соли (при расширенных параметрах). Таблица термодинамических параметров по умолчанию: «SantaLucia 1998», а формула коррекции соли по умолчанию — «SantaLucia 1998», как рекомендовано программой primer3.

Последовательность мРНК refseq в качестве ввода шаблона ПЦР требуется для опций в разделе Справка

Последовательность мРНК refseq (например, запись последовательности entrez, которая имеет доступ, начинающийся с NM_), позволяет программе правильно идентифицировать соответствующую геномную ДНК и таким образом найдите правильные границы экзона/интрона.

Нет PreferencePrimer должен охватывать соединение экзон-экзонPrimer не может охватывать соединение экзон-экзон Справка

Это определяет, должен ли праймер охватывать соединение экзона на вашей матрице мРНК. Параметр «Праймер должен охватывать соединение экзон-экзон» указывает программе возвращать по крайней мере один праймер (в заданной паре праймеров), который охватывает соединение экзон-экзон. Это полезно для ограничения усиления только мРНК. Вы также можете исключить такие праймеры, если хотите амплифицировать мРНК, а также соответствующую геномную ДНК.

Мин. 5' матч Мин. 3' матч Макс. 3-футовый матч

Минимальное и максимальное количество оснований, которые должны отжигаться с экзонами на 5'- или 3'-стороне соединения Помощь

Это определяет минимальное количество оснований, которые праймер должен отжигать с матрицей на 5'-стороне (т. е. к началу праймера) или 3'-стороне (т. е. к концу праймера) экзон-экзонного соединения. Отжиг обоих экзонов необходим, так как это обеспечивает отжиг области экзон-экзонного соединения, а не только экзона. Обратите внимание, что этот параметр эффективен только в том случае, если вы выбрали «Праймер должен охватывать соединение экзон-экзон» для параметра «Промежуток соединения экзона».

Пара праймеров должна быть разделена как минимум одним интроном соответствующей геномной ДНК Справка

Если эта опция включена, программа попытается найти пары праймеров, которые разделены хотя бы одним интроном в соответствующей геномной ДНК, используя выравнивание мРНК-геномной ДНК из NCBI. Это позволяет легко различать амплификацию мРНК и геномной ДНК, поскольку продукт последней длиннее из-за присутствия интрона.

мин. Макс.

Помощь

Это указывает диапазон общей длины интрона в соответствующей геномной ДНК, который разделяет прямой и обратный праймеры.

Примечание. Значения параметров, которые отличаются от значений по умолчанию, выделены желтым цветом. Параметры проверки специфичности пары праймеров

Включить поиск пар праймеров, специфичных для предполагаемого шаблона ПЦР Справка

Если эта опция включена, программа будет искать праймеры в выбранной базе данных и определять, может ли пара праймеров генерировать продукт ПЦР для любых мишеней в базе данных на основе их совпадений с мишенями и их ориентации. Программа вернет, если это возможно, только те пары праймеров, которые не генерируют действительный продукт ПЦР на непредусмотренных последовательностях и, следовательно, специфичны для предполагаемого шаблона. Обратите внимание, что специфичность проверяется не только для пары прямых-обратных праймеров, но также для пар прямых-прямых и обратных-обратных праймеров.

Автоматический Руководство пользователяБез руководства пользователя Справка

Primer-blast пытается найти целевые праймеры, помещая праймеры-кандидаты в уникальные области матрицы, которые не похожи на другие мишени. Однако в некоторых случаях праймер-бласт не может определить, является ли последовательность базы данных предполагаемой целью или нет, поэтому руководство пользователя может быть полезным (например, когда ваш шаблон представляет собой полиморфную форму или частичную область записи в поиске). базы данных или когда база данных, такая как nr, содержит избыточные записи вашего шаблона).
Параметр «Автоматически» будет запрашивать указания пользователя только в том случае, если программа не находит достаточного количества уникальных областей шаблона, в то время как параметр «Управляемый пользователем» всегда будет запрашивать указания пользователя, если ваш шаблон демонстрирует высокое сходство с любыми другими последовательностями базы данных.

Репрезентативные геномы RefseqRefseqГеномы для выбранных организмов (только первичная эталонная сборка)РНК nrRefseq (refseq_rna)Пользовательский Справка

Рефсек мРНК:
    Содержит мРНК только из коллекции эталонных последовательностей NCBI

Репрезентативные геномы Refseq:
    Эта база данных содержит эталонные и репрезентативные геномы NCBI RefSeq по широким таксономическим группам, включая эукариоты, бактерии, археи, вирусы и вироиды. Эти геномы являются одними из самых качественных геномов, доступных в NCBI. Эта база данных содержит минимальную избыточность в представлении генома. Для эукариот для каждого вида включен только один геном (однако при необходимости включены альтернативные локусы эукариотических геномов). Для других видов могут быть включены геномы различных изолятов одного и того же вида. Геномы митохондрий включены там, где это применимо.

Refseq РНК:
    Содержит все записи РНК из коллекции эталонных последовательностей NCBI

Геномы для выбранных организмов (только первичная эталонная сборка):
   Это полные или почти полные последовательности генома из первичных хромосомных наборов (т.е. без митохондрий или альтернативных локусов) для следующих выбранных организмов:

  &nbpapis mellifera
   bos taurus
   danio rerio
   dog
   drosophila melanogaster
   gallus gallus
   human
   mouse
   pan troglodytes
   pig
   rat

Although sequences in this database are completely covered by the Refseq representative genomes database, it does not contain the alternate loci and поэтому имеет даже меньшую избыточность, чем репрезентативная база данных геномов Refseq. Эта база данных рекомендуется, если вас не беспокоит отсутствие альтернативных локусов или последовательностей митохондрий.

Пользовательский:
   Вы можете использовать свои собственные последовательности (инвентарный номер, gi или последовательность FASTA) в качестве базы данных поиска. Размер базы данных ограничен 300M.

Введите инвентарный номер, gi или последовательность FASTA Прозрачный

Или загрузите файл:

Исключение

Исключить предсказанные транскрипты Refseq (присоединение с префиксом XM, XR) Исключить последовательности некультурных/экологических образцов Помощь

Вы можете исключить последовательности в выбранной базе данных из проверки специфичности, если они вас не беспокоят. Существует большое количество предсказанных транскриптов Refseq в базе данных Refseq mRNA, Refseq RNA и nr. В базе данных nr также имеется множество последовательностей некультурных/экологических образцов.

Организм

Введите название организма (или название группы организмов, например, энтеробактерии, грызуны), идентификатор таксономии или выберите из предложенного списка по мере ввода. Помощь

Это ограничит проверку специфичности праймера указанным организмом. Настоятельно рекомендуется всегда указывать организм, если вы амплифицируете ДНК определенного организма (поскольку поиск всех организмов будет намного медленнее, а нецелевой прайминг от других организмов не имеет значения). Нажмите на метку «Добавить больше организмов», если вы хотите ограничиться несколькими организмами (введите только один организм в каждое поле ввода).

Entrez запрос (необязательный)

Справка

Вы можете использовать обычный запрос entrez, чтобы ограничить поиск в базе данных специфичностью праймера. Например, введите инвентарный номер GenBank, чтобы ограничить поиск только этой конкретной последовательностью (внимание: это означает, что специфичность праймера НЕ будет проверяться на какие-либо другие последовательности, кроме указанной).

Грунтовка должна иметь не менее 123456 всего несоответствий по непреднамеренным целям, в том числе
не менее 123456 несоответствия в течение последнего 1 2 3456 78910111213141516171819202122 бит/с на 3'-конце. Помощь

Для этого требуется, чтобы по крайней мере один праймер (для данной пары праймеров) имел указанное количество несовпадений с непреднамеренными мишенями. Чем больше несоответствий (особенно ближе к 3'-концу) между праймерами и непреднамеренными мишенями, тем более специфична пара праймеров для вашего шаблона (т. е. будет труднее провести отжиг с непреднамеренными мишенями). Однако указание большего значения несоответствия может затруднить поиск таких конкретных праймеров. В таком случае попробуйте уменьшить значение несоответствия.

Игнорировать цели, которые 123456789 или более несовпадений с праймером. Помощь

Это еще один параметр, который можно использовать для корректировки строгости специфичности праймера. Если общее количество несовпадений между мишенью и хотя бы одним праймером (для данной пары праймеров) равно или превышает указанное число (независимо от местоположения несовпадения), то любые такие мишени будут проигнорированы при проверке специфичности праймера. Например, если вас интересуют только мишени, идеально соответствующие праймерам, вы можете установить значение 1. Вы также можете уменьшить значение E (см. дополнительные параметры) в таком случае, чтобы ускорить поиск, поскольку высокое значение E по умолчанию не требуется для обнаружения мишеней с небольшим количеством несовпадений с праймерами.
Кроме того, эта программа имеет ограничение на обнаружение мишеней, которые слишком отличаются от праймеров... она будет обнаруживать мишени, которые имеют до 35% несовпадений с последовательностями праймеров (т. е. всего 7 несовпадений для 20-мерного).
Возможно, вам потребуется выбрать более чувствительные параметры взрыва (в расширенных параметрах), если вы хотите обнаруживать цели с большим количеством несоответствий, чем по умолчанию.

Помощь

Это определяет максимальный размер ампликона для мишени ПЦР, которую должен обнаружить Primer-BLAST. В общем, неспецифические мишени становятся менее опасными, если их размеры очень велики, поскольку ПЦР гораздо менее эффективна для больших ампликонов.

Разрешить праймеру амплифицировать варианты сплайсинга мРНК (требуется последовательность мРНК refseq в качестве ввода шаблона ПЦР) Справка

Если эта функция включена, эта программа НЕ будет исключать пары праймеров, которые могут амплифицировать один или несколько вариантов сплайсинга мРНК из того же гена, что и ваша ПЦР-матрица, тем самым делая праймеры специфичными для гена, а не для транскрипта (обратите внимание, что она НЕ предназначена для создания праймеров). это будет амплифицировать все варианты. Это означает только, что праймеры могут амплифицировать один или несколько других вариантов срезов в дополнение к указанному вами). Включение этой опции значительно облегчит поиск геноспецифических праймеров, поскольку нет необходимости различать варианты сплайсинга. Этот параметр требует, чтобы вы ввели последовательность мРНК refseq или последовательность gi или fasta в качестве входных данных шаблона ПЦР, потому что другой тип ввода может не позволить программе правильно интерпретировать результат.

Примечание. Значения параметров, которые отличаются от значений по умолчанию, выделены желтым цветом. Параметры проверки специфичности пары праймеров

105010025050010001000050000100000 Справка

Максимальное количество последовательностей базы данных (с уникальным идентификатором последовательности) Blast находит праймер-бласт для скрининга специфичности пары праймеров. Обратите внимание, что фактическое количество областей сходства (или количество совпадений) может быть намного больше (например, может быть большое количество совпадений в одной целевой последовательности, такой как хромосома). Выберите более высокое значение, если вам нужно выполнить более строгий поиск.

1001000100003000050000100000 Справка

Ожидаемое количество случайных совпадений в случайной модели. Более высокое значение E следует использовать, если требуется более строгая проверка специфичности (т. е. для выявления мишеней, которые имеют больше несовпадений с праймерами, в дополнение к идеально совпадающим мишеням). С другой стороны, более низкое значение E рекомендуется, если вас интересуют только идеальные или почти идеальные совпадения, так как это значительно сократит время поиска.

678910 Справка

Минимальное количество непрерывных совпадений нуклеотидных оснований между последовательностью запроса и последовательностью-мишенью, которое необходимо для BLAST для обнаружения целей. Установите меньшее значение, если вам нужно найти целевые последовательности с большим количеством несовпадений с вашими праймерами. Однако это увеличит время поиска.

50010002000 Справка

Максимальное количество пар праймеров-кандидатов для скрининга с целью поиска конкретных пар праймеров (праймеры-кандидаты генерируются программой primer3). Увеличение этого числа может повысить вероятность нахождения определенной пары праймеров, но этот процесс займет больше времени.

Помощь

Максимальное количество мишеней ПЦР (ампликонов), которые должны отображаться при разработке новых праймеров.

Справка

Максимальное количество мишеней ПЦР (ампликонов), отображаемых при проверке специфичности предварительно разработанных праймеров.

Помощь

Максимальное количество мишеней ПЦР (ампликонов), которые можно найти в любой одиночной последовательности в базе данных поиска.

мин. Выбрать Макс

мин. Выбрать Макс

мин. Макс

Справка

Количество последовательных G и C на 3'-конце как левого, так и правого праймера.

Справка

Максимально допустимая длина мононуклеотидного повтора, например AAAAAA.

Справка

Максимальная стабильность для последних пяти 3' оснований левого или правого праймера. Большие числа означают более стабильные 3'-концы.

Помощь

Максимальное количество G или C, разрешенное в последних пяти 3' основаниях левого или правого праймера.

Использовать термодинамическое выравнивание олиго. Использовать выравнивание термодинамического шаблона (предупреждение: поиск может быть очень медленным, если эта опция включена) Справка

Параметр «Использовать термодинамическое выравнивание олиго» указывает Primer3 использовать модели термодинамического выравнивания (вместо старого традиционного выравнивания вторичной структуры) для расчета склонности олигонуклеотидов к образованию шпилек и димеров, в то время как параметр «Использовать термодинамическое выравнивание шаблона» указывает Primer3 использовать термодинамическое выравнивание. модели (вместо старого традиционного выравнивания вторичной структуры) для расчета склонности олигонуклеотидов к отжигу с нежелательными сайтами в матричной последовательности.

TH: Максимальное неправильное заполнение шаблона

Праймер Пара

(только для модели термодинамического выравнивания)

TH: Максимальная самодополнительность

Любой 3'

(только для модели термодинамического выравнивания)

TH: Максимальная комплементарность пар

Любой 3'

(только для модели термодинамического выравнивания)

TH: шпилька Max Primer

(только для модели термодинамического выравнивания)

Макс. ошибка заполнения шаблона

Праймер Пара

(только для старой модели выравнивания вторичной конструкции)

Максимальная самодополняемость

Любой 3'

(только для старой модели выравнивания вторичной конструкции)

Максимальная комплементарность пар

Любой 3'

(только для старой модели выравнивания вторичной конструкции)

Справка

Например. 401,7 68,3 запрещает выбор праймеров в 7 основаниях, начиная с 401, и в 3 основаниях, начиная с 68. Или пометьте исходную последовательность знаком: например. ...ATCTTCAT... запрещает праймеры в центральном CCCC.

Помощь

Введите список положений нуклеотидов, разделенных пробелами. Для этого требуется, чтобы левый или правый праймеры охватили соединение, которое составляет всего 3 фута от любых таких положений. Например, ввод «50 100» будет означать, что левый или правый праймеры должны охватывать соединение между нуклеотидами в положениях 50 и 51 или соединение между положениями 100 и 101 (считая от 5' до 3'). Вы также можете указать в полях ниже минимальное количество нуклеотидов, которое должен иметь левый или правый праймер по обе стороны от соединений. Этот параметр удобен, если вы хотите нанести грунтовку на конкретное соединение на шаблоне. Обратите внимание, что этот параметр нельзя использовать в сочетании с описанными выше параметрами «Выбор экзона/интрона».

5-футовые боковые перекрытия 3-футовые боковые нахлесты

Минимальное количество нуклеотидов, которое должен иметь левый или правый праймер на 5'- или 3'-стороне соединений

Помощь

Миллимолярная концентрация соли (обычно KCl) в ПЦР. Primer3 использует этот аргумент для расчета температуры плавления олигонуклеотидов.

Справка

Миллимолярная концентрация катионов двухвалентных солей (обычно MgCl2+ в ПЦР). Primer3 преобразует концентрацию двухвалентных катионов в концентрацию одновалентных катионов по формуле, предложенной в статье Ahsen et al. , 2001. [Одновалентные катионы] = [Одновалентные катионы] + 120*(v([двухвалентные катионы] - [dNTP])). Согласно формуле концентрация дезоксинуклеотидтрифосфата [dNTP] должна быть меньше концентрации двухвалентных катионов. Концентрация dNTP включена в формулу, поскольку некоторая часть магния связана с dNTP. Достигнутая концентрация одновалентных катионов используется для расчета температуры плавления олиго/праймера. См. Концентрация dNTP, чтобы указать концентрацию dNTP.

Помощь

Миллимолярная концентрация дезоксирибонуклеотидтрифосфата. Этот аргумент учитывается, только если указана Концентрация двухвалентных катионов.

Шильдкраут и Лифсон 1965 г. Санта-Лючия 1998 г. Овчарзи и др. 2004 г. Помощь

Возможность указания формулы поправки на соль для расчета температуры плавления. Доступны три различных варианта:
1. Schildkraut and Lifson 1965, DOI:10.1002/bip.360030207 (это используется до версии 1.0.1 Primer3). Значение по умолчанию Primer3 версии 1.1.0 (для обратной совместимости)
2. Санта-Лючия, 1998 г., DOI: 10.1073/pnas.95.4.1460. Это рекомендуемое значение для .
3. Owczarzy et al. 2004 г., DOI: 10.1021/bi034621r

Бреслауер и др. 1986 г. SantaLucia 1998 Помощь

Опция таблицы термодинамических параметров ближайшего соседа и метода расчета температуры плавления. Доступны две разные таблицы термодинамических параметров:
Бреслауер и др. 1986, DOI:10.1073/pnas.83.11.3746 В в этом случае формула для расчета температуры плавления, предложенная Rychlik et al. 1990 используется.
SantaLucia 1998, DOI:10.1073/pnas.95.4.1460 Это рекомендуемое значение для .

Справка

Наномолярная концентрация отжигаемых олигонуклеотидов в ПЦР. Обратите внимание, что это концентрация не олигонуклеотидов в реакционной смеси, а тех, которые отжигаются до темплата. Primer3 использует этот аргумент для расчета температуры плавления олигонуклеотидов. Значение по умолчанию (50 нМ) хорошо работает со стандартным протоколом, используемым в Центре исследований генома Уайтхеда/MIT: 0,5 мкл концентрации 20 микромолей для каждого олигопраймера в реакции объемом 20 мкл с матрицей 10 нанограмм, 0,025 ед./мкл полимеразы Taq в 0,1 мМ каждого dNTP, 1,5 мМ MgCl2, 50 мМ KCl, 10 мМ Трис-HCL (pH 9. 3) с использованием 35 циклов при температуре отжига 56 градусов Цельсия. Этот параметр соответствует «с» в уравнении Рихлика, Спенсера и Роадса (ii) (Nucleic Acids Research, vol 18, num 21), где подходящее значение (для более низкой начальной концентрации матрицы) «определяется эмпирически». Значение этого параметра меньше фактической концентрации олигонуклеотидов в реакции, поскольку это концентрация отжигаемых олигонуклеотидов, которая, в свою очередь, зависит от количества матрицы (включая продукт ПЦР) в данном цикле. Эта концентрация сильно возрастает во время ПЦР; к счастью, ПЦР кажется достаточно надежной для различных температур плавления олигонуклеотидов.

Сайт связывания праймера может не содержать известного SNP Help

Если эта опция включена, программа будет автоматически извлекать информацию SNP, содержащуюся в шаблоне (требуется использование доступа GenBank или GI в качестве шаблона), и избегать выбора праймеров в областях SNP.

Нет ЭлегансА. gambiaeРыбка данио Помощь

Если выбран параметр по умолчанию «Автоматически», программа автоматически выберет базу данных повторов, используя следующие правила.

1. Если доступна база данных повторов из того же организма, который указан пользователем в поле «Организм» (см. выше), то будет использоваться эта база данных повторов. Например, если указано «Человек», будет выбрана база данных повторов человека.

2. Если повторная база данных того же организма недоступна, будет выбрана база данных ближайшего родителя этого организма в дереве таксономии. Например, база данных повторов грызунов будет выбрана, если в поле «Организм» указано «Мышь». Однако повторная база данных не будет выбрана, если указано «Gallus gallus», поскольку повторная база данных из его таксономических родителей недоступна.

Избегайте повторяющихся областей для выбора праймера путем фильтрации с помощью базы данных повторов.

Избегайте области низкой сложности при выборе праймера Справка

Области низкой сложности представляют собой некоторые области в последовательности ДНК, которые имеют смещенные композиции оснований, такие как участок ACACACACACACACACACA.

Пик внутренней гибридизации олиго

мин. Выбрать Макс

мин. Выбрать Макс

мин. Выбрать Макс

Результаты Primer-Blast

Результаты Primer-BLAST Помощь

Primer-BLAST был разработан в NCBI, чтобы помочь пользователям создавать специальные праймеры. к предполагаемой цели ПЦР. Он использует Primer3 для разработки праймеров для ПЦР, а затем использует BLAST и алгоритм глобального выравнивания для проверки праймеров в соответствии с выбранной пользователем базой данных. во избежание пар праймеров (все комбинации, включая пару праймеров вперед-назад, вперед-вперед, а также обратно-обратные пары), которые могут вызывать неспецифические усиления. Чтобы процитировать Primer-BLAST или найти более подробную информацию, обратитесь к нашей публикации:

Е. Дж., Кулурис Г., Зарецкая И., Каткутач И., Розен С., Мэдден Т. (2012). Primer-BLAST: инструмент для разработки целевых праймеров для полимеразной цепной реакции. Биоинформатика BMC. 13:134. Использование самого Primer3 регулируется положениями и условиями, изложенными на веб-сайте Primer3.

Входной шаблон ПЦР

нет 

Прочие отчеты

Сводка поиска

Вы можете выполнить повторный поиск конкретных праймеров, приняв некоторые из непреднамеренных целей, отметив флажки рядом с теми, которые вы принимаете, и повторите попытку повторного поиска конкретных праймеров. Помощь

Primer-BLAST может найти только неспецифические праймеры для вашего шаблона, так как существуют другие цели, похожие или идентичные вашему шаблону. Вы можете провести повторный поиск определенных праймеров, разрешив несколько очень похожих нецелевых мишеней, если они не имеют отношения к вашему эксперименту ПЦР. Например, не все варианты транскриптов экспрессируются во всех тканях, или вас не интересуют предсказанные транскрипты (т. е. присоединения XM_), или имеются избыточные записи в базе данных. Другой пример: когда вы вводите необработанную последовательность в качестве шаблона ПЦР, а не присоединения, Primer-BLAST, скорее всего, сообщит о множестве нецелевых. Однако некоторые из них могут быть вашей предполагаемой целью, которую вы должны разрешить. Когда Primer-BLAST не нужно избегать очень похожих нецелевых объектов при выборе уникальных областей праймеров, у него обычно гораздо больше шансов найти конкретные праймеры для намеченной цели.

Если вы хотите разрешить какие-либо непреднамеренные цели, установите флажки рядом с теми, которые вы принимаете, и повторите попытку повторного поиска определенных праймеров. Помощь

Primer-BLAST может найти только неспецифические праймеры для вашего шаблона, так как существуют другие цели, похожие или идентичные вашему шаблону. Вы можете провести повторный поиск определенных праймеров, разрешив несколько очень похожих нецелевых мишеней, если они не имеют отношения к вашему эксперименту ПЦР. Например, не все варианты транскриптов экспрессируются во всех тканях, или вас не интересуют предсказанные транскрипты (т. е. присоединения XM_), или имеются избыточные записи в базе данных. Другой пример: когда вы вводите необработанную последовательность в качестве шаблона ПЦР, а не присоединения, Primer-BLAST, скорее всего, сообщит о множестве нецелевых.

Learn more

• 
  Как выбрать душевую кабину в маленькую ванную
• 
  Как называется на шею повязка
• 
  Необычные блюда в домашних условиях
• 
  Коверлок или распошивальная машина
• 
  Лампа для ароматерапии электрическая
• 
  Рецепт манника на кефире в духовке с мукой
• 
  С каким цветом сочетается бирюзовый цвет в одежде у женщин
• 
  Кремовые ногти
• 
  Как красиво повязать палантин на куртку
• 
  Рецепт со сметаной
• Поселок утес